El club se pensó en crear en 1923 para representar a los barrios San Roque y Rebolo. El movimiento comenzó cuando el Colegio Salesiano creó el equipo Juventus, ya que ellos eran de ascendencia italiana, pero luego el equipo se conocería como Juventud.
Un grupo de aficionados al fútbol, así como los integrantes menores del Juventud crearon el 7 de agosto de 1924 en la calle 30 con carrera 29 de Barranquilla, liderados por Micaela Lavalle de Mejía, la creación del nuevo club que tuvo por nombre Juventud Infantil. El equipo original estaba conformado por Víctor Bovea, Héctor Donado, Leovigildo Rolong, Juan Mejía, Manuel Vásquez, Víctor Núñez, Alberto de las Salas, Vicente Cervera, Rosendo Barrios, Armando Moya, Aurelio Roa, Valerio Molinares, Agustín Consuegra, Simeón Manjarrés, Enrique Lamadrid, Pedro Yépez, Néstor García, Francisco Ibáñez y Nicolás Pineda. El primer partido fue el 12 de octubre de 1924 en la plaza 7 de Abril contra el Argentina F.B.C., al cual venció 2-1.
En 1926 ingresa a la Liga de Fútbol del Atlántico, en la Tercera Categoría, ganando el ascenso a la Segunda Categoría en 1927. En 1929, después de 2 años en la Segunda Categoría, asciende a la Primera Categoría cambiando su nombre por el de Juventud Junior donde es campeón en 1932.
Era profesional
En 1948, con el nombre de Atlético Junior participa en el primer torneo del Futbol profesional colombiano de la División mayor del Futbol colombiano (Dimayor), quedando subcampeón con cuatro puntos por debajo del Santa fe.En ese entonces el equipo era conocido como los Miuras.
En 1949 es requerido por la Adefutbol para participar representando a Colombia
en el Campeonato Sudamericano de Río de Janeiro, Brasil, siendo sancionado por la División mayor del Futbol colombiano
(Dimayor) por dos años, rompiéndose las relaciones entre la Dimayor y la Adefútbol.
En 1950 contrató a Heleno de afreitas.
Desde 1948 hasta 1953 Junior es apodado "Los Miuras", por la manera de jugar, un equipo tan fino con un empuje inigualable aguerrido y letal para el rival. ¿Por qué Los Miuras? Miura es la denominación popular de un encaste de toros de características singulares forjada durante varias generaciones de una familia ganadera, desde 1842 hasta la actualidad.
1953: Crisis deportiva y económica
En 1953 terminan 10.º en el campeonato, con 15 puntos.
También afrontan una grave crisis económica que lo obliga a retirarse de la Dimayor,
pasando a participar durante 12 años del torneo aficionado de la liga departamental, desapareciendo del Profesionalismo colombiano.
En 1966 Junior vuelve a la Primera
division después de 13 años de problemas económicos. En este primer torneo después de 13 años de ausencia, Junior termina octavo del torneo con 53 puntos.
En 1967, Junior contrata a tres míticos jugadores brasileños: Garrincha, Dida y Quarentinha. Al final del torneo Junior termina quinto con 59 puntos. Garrincha solo jugó un partido contra Santa fé. Ese mismo año salen del equipo las tres estrellas brasileñas contratadas a principio de año.
En 1968 vuelve el mítico arquero colombiano Efraín " el caimán " Sánchez. Desde ese año el torneo se dividió en Apertura y Finalización. En el Torneo Apertura Junior termina cuarto con 35 puntos. En el Torneo Finalización Junior termina tercero con 35 puntos. Junior, con estas dos campañas se clasifica a pelear por el tercer lugar anual contra Millonarios, Pierde en la lucha por el tercer lugar anual al empatar un partido y perder el otro. A final de año sale del equipo el mítico arquero Efraín ’El Caimán’ Sánchez.
En
1969, Junior contrata al único jugador que ha logrado hacer un
gol olímpico en un mundial de fútbol,
Marco Coll (en el
Mundial Chile 1962). En el Torneo Apertura termina quinto con 28 puntos. En el Torneo Finalización termina sexto con 29 puntos.
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1970: Vuelve el protagonismoEditar
En 1970 llega al equipo uno de los jugadores insignes de los primeros títulos, Jesús ’El Toto’ Rubio. En el Torneo Apertura, Junior termina segundo; y en el Torneo Finalización termina noveno con 23 puntos. A pesar del mediocre Torneo Finalización, Junior logró clasificar al cuadrangular final, donde enfrentó a Deportivo cali,
Santa Fe y Cúcuta Deportivo.
Al final, Deportivo Cali ganó el campeonato. A pesar de haber perdido el campeonato, Junior clasificó a su primera Copa Libertadores.
En 1977 llegan al equipo el volante argentino Eduardo ’El Indio’ Solari y Alfredo ’El Maestrico’ Arango. Vuelve el defensa Jesús ’El Toto’ Rubio. Bajo la dirección del técnico argentino José "puchero" Varacka que se había juntado al equipo en 1975, se logró que en el Torneo Apertura, Junior terminara de primero con 35 puntos, dos más que su perseguidor Deportivo Cali. Así, Junior ganaba el Torneo Apertura y clasificaba automáticamente al Hexagonal Final. En el Torneo Finalización, Junior quedó ubicado en el grupo A, quedando último con 18 puntos. Tras la salida del DT José Varacka, asumió las riendas del equipo en el tramo final de la temporada el argentino Juan Ramón " la bruja" Verón, que ofició en este caso de jugador y técnico a la vez. En el Hexagonal Final, Junior terminó primero con 15 puntos, tres más que el subcampeón Deportivo Cali. Así, Junior obtuvo su primer título de la liga colombiana y su segunda participación en Copa Libertadores. Al final de la temporada abandonaron al equipo los argentinos Eduardo ’El Indio’ Solari, Juan Ramón Verón y Juan Carlos Delménico.
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En 1980 nuevamente bajo la dirección del técnico argentino José "puchero"
Varacka, vuelve el arquero argentino Juan Carlos Delménico. En el campeonato colombiano, Junior termina líder del Torneo Apertura con 35 puntos, con los mismos puntos del segundo (Deportivo Cali). Junior y Deportivo Cali clasificaron a los Cuadrangulares Semifinales. En el Torneo Finalización, Junior queda último del grupo A con 10 puntos. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior terminó líder del grupo B con 8 puntos, uno más que el segundo Atlético Nacional, clasificando al Cuadrangular Final, en donde enfrentaría a Atlético nacional,
Deportivo cali
y América de cali. Junior queda campeón al no perder ningún partido en el Cuadrangular Final y cosechar 9 puntos, sacándole dos de ventaja al Deportivo Cali que quedó subcampeón con 7 puntos. Junior así conseguía su segunda estrella y su tercera clasificación a Copa Libertadores.
